Xemnas est en réalité le simili de Xehanorth l'homme qui est a l'origine des sans coeurs. Il a fondé l'Organisation juste apres que son coeur n'ai été arraché suite a une experience qui a mal tourné. Il a cherché a reunir treize simili dans le but de remplir Kingdom Hearts pour pouvoir redevenir humain. Pour ce faire les similis devaient chasser des coeurs qui se rassemblaient dans Kingdom Hearts. Les premiers similis a le suivre furent les autres apprentis d'Ansem le Sage, Braig, Dilan, Even, Aeleus et Ienzo.

Ils ont été ensuite rejoint par d'autres simili. Le dernier etant le simili du porteur de la Keyblade nommé Sora. Xemnas a veillé a ce que Roxas soit entrainé a ramenné le plus de coeur a Kingdom Hearts parce que ce dernier etait le seul a etre capable de le faire. Pret a sacrifier Roxas pour l'echanger contre une marionnette qu'ils avaient créer nommé Xion, Xemnas ne cherchait qu'a avoir des coeur le plus vite possible. Mais Roxas a fini par mettre un terme a l'existence de la marionette avant de les fuir.

Xemnas a donc envoyé tout les membres de l'Organisation a la recherche de Roxas pour qu'ils le tuent. Sauf qu'il n'avait pas vraiment prevu que le simili soit revenu a son humain. Sora. C'est donc Sora que Xemnas fini par affronté mais ce dernier n'tait pas seul. Il c'est battu contre le chef de l'organisation avec l'aide de Riku.

Une fois vaincu Xemnas a atterit sur Edengardh. Oh il ne perds pas de vue le but d'avoir un coeur et cherchera un moyen pour en avoir un quitte a retrouver les siens pour pouvoir reformer l'Organisation.