Naît de deux scientifiques de la Shinra : Lucrecia et le docteur Hojo. Des expériences ont été effectuées alors qu'il n'était encore que dans le ventre de sa mère : insérer des cellules des Jenova modifié dans le fœtus en formation et de sa mère.  Le projet S.
Il n'a jamais su qui était son père,  on lui raconte que sa mère s'appelait Jénova et est morte peu après sa naissance. Il est élevé et étudié au sein de la Shinra. Lucrecia n'a jamais put le voir.
Il démontre très vite de bonnes aptitudes et devient SOLDAT.
Il se lit d’amitié avec deux autres SOLDATS : Angeal et Genesis. Ils deviennent tous les trois première classe. Sephiroth est très vite reconnu pour sa force et son efficacité et vu comme un Héro.
Entre la guerre avec le Wutai et la lutte contre Avalanche, seule Elfé, la cheffe d’Avalanche, parvient à lui tenir tête.

Après une mission, Genesis disparaît en amenant d'autres SOLDATs de deuxième et troisième classe avec lui. La situation devient inquiétante quand aucune nouvelle ne parvient après un mois.
La Shinra envoie Sephiroth pour une mission au Wutai. Angeal et un deuxième classe du nom de Zack sont de la partie. Sephiroth intervient pour sauver Zack d'une invocation et ils doivent se rendre à l’évidence. Angeal aussi a déserté.
Plusieurs mois passent sans nouvelles et on l’appelle pour une mission à Banora. Ne voulant pas se confronter à ses anciens amis, il délègue la mission à Zack.
Un mois plus tard, Zack est promu première classe  et la tour Shinra est subitement attaquée. Zack et Sephiroth sont envoyés repousser l'attaque avec l'aide des Turks. Sephiroth découvre que le Réacteur cinq est au cœur des attaques et appelle Zack, ils veulent retrouver les deux déserteurs avant la milice pour les aider à s'enfuir.
La ville est envahie par des répliques de Genesis.
Ils confirment alors que Genesis et Angeal sont de mèches avec un ancien scientifique de la Shinra, Hollander, qui a été doublé par Hojo et qui a démissionné.  Il connaissait la technique de réplication. Ils prennent connaissance du projet G et le début de la dégénérescence des sujets soumis à cette expérience.
Ils retrouvent Hollander et Zack part à sa poursuite pendant que Sephiroth est arrêté par Genesis. Zack disparaît pendant plusieurs heures. Il est retrouvé dans les taudis de la ville.
Pendant plusieurs mois, les missions de Sephiroth se concentrent sur Avalanche. Zack annonce la mort de Genesis et d’Angeal.
Il rejoint Zack à Junon pour se rendre compte de son échec à capturer Hollander mais l’autorise à rentrer à Midgar. Ils s’interrogent sur la présence des répliques de Genesis alors qu’il est mort.
Il est affecté à une mission à Nibelheim avec Zack et trois miliciens dont Cloud pour inspecter le réacteur du mont Nibel.
Genesis réapparaît pour avouer à Sephiroth l'origine de sa naissance et l’origine de Jénova et le traite de monstre. Lui demande tout de même de l'aider à stopper sa dégénérescence, Sephiroth refuse et le rejette.
Il s’enferme une semaine entière dans les sous-sol d'un manoir aux abords de la ville. Lit tous les documents présents.
Finit par sortir.  Incendie le village et tue les habitants avant de retourner au réacteur retrouver celle qu'il prenait pour sa mère : Jénova. Zack intervient pour l'arrêter mais Sephiroth le bat, suivit par Cloud qui, lui parvient à le blessé.
Suite à un court combat,  Cloud est empalé mais parvient à faire tomber Sephiroth dans la mako.


Il est cristallisé dans la mako et la rivière de la Vie l'éjecte au cratère Nord. Il reste en stase jusqu'à ce que Cloud revienne lui remettre la materia noire.
Il invoque le météore.
Il est arrêté et tué par Avalanche et plus particulièrement par Cloud. Le météore est lui aussi détruit par la Rivière de la Vie.

Deux ans plus tard, il revient grâce au groupe de Kadaj et au vol delà tête de Jénova.
Cloud intervient encore une fois pour l'arrêter pour de bon. Sephiroth atterrit sur Edengardh.